Alcance de las actuaciones inspectoras

Ref. CISS

1. Concepto de actuaciones de carácter parcial y general

Dispone el artículo 148 de la LGT que las actuaciones del procedimiento de Inspección podrán tener carácter general o parcial. Las actuaciones inspectoras tendrán carácter parcial cuando no afecten a la totalidad de los elementos de la obligación tributaria en el periodo objeto de la comprobación y en todos aquellos supuestos que se señalen reglamentariamente. En otro caso, las actuaciones del procedimiento de Inspección tendrán carácter general en relación con la obligación tributaria y periodo comprobado.

Dispone el artículo 148.3 LGT que cuando las actuaciones del procedimiento de inspección hubieran terminado con una liquidación provisional, el objeto de las mismas no podrá regularizarse nuevamente en un procedimiento de inspección que se inicie con posterioridad. El precepto admite como excepción los supuestos regulados en el artículo 101.4 LGT:

• a) Supuestos en los que no ha sido posible efectuar la comprobación de la totalidad de todos los elementos del concepto impositivo, como por ejemplo, bases procedentes del régimen de imputación de rentas que no han sido objeto de comprobación.
• b) Supuestos en lo que procede formular distintas propuestas de liquidación en relación con una misma obligación tributaria. Entre otros supuestos se pueden citar las conformidades parciales o las actas con acuerdo en las que el acuerdo se refiere solamente a una parte de la regularización.

En ambos supuestos, la LGT se remite al desarrollo reglamentario.

Por otro lado, en el artículo 149 LGT regula la solicitud del obligado tributario para que una actuación de carácter parcial tenga carácter general. La novedad más importante de este precepto es que se regulan los efectos que se producen en el caso de incumplimiento de los plazos por parte de la Inspección.

El Reglamento de Inspección (RD 939/1986) definía como actuaciones de carácter general las que tenían por objeto la verificación en su totalidad de la situación tributaria del sujeto pasivo, pero dentro del límite, entre otros, de los ejercicios o periodos a que se extiende la actuación inspectora. La actuación era parcial cuando se refería sólo a uno de los tributos o deberes que afectan al sujeto pasivo. El art. 28 de la LDGC introdujo un concepto nuevo de actuación general: comprobación de un tributo y referido a un ejercicio solamente. Así pues, serían actuaciones de carácter general las siguientes:

• a) Citación de la Inspección para comprobar todos los Impuestos del año 1999.
• b) Comprobación del IVA de 2000, como consecuencia de la solicitud del sujeto pasivo de que una actuación iniciada con carácter parcial tenga carácter general respecto de dicho Impuesto y ejercicio.

Ahora, la LGT define como actuación general la referida a una “obligación tributaria” y periodo comprobado, concepto diferente a los señalados anteriormente. Así, la comprobación del IVA de un trimestre es ahora una actuación de carácter general.

Ahora, la LGT define como actuación general la referida a una «obligación tributaria» y periodo comprobado, concepto diferente a los señalados anteriormente. Así, la comprobación del IVA de un trimestre es ahora una actuación de carácter general.

Casuística:

• La irregularidad consistente en la ausencia de consignación del carácter general o parcial de las actuaciones, de carácter meramente formal, no resulta de entidad suficiente para producir un efecto invalidante. La anulación de un acto administrativo debe hallarse motivada por una infracción especialmente grave e importante del ordenamiento jurídico. Un defecto de forma sólo determinará la anulabilidad cuando el acto carezca de los requisitos formales indispensables para alcanzar su fin (RTEAC 7-11-1997).

• Una actuación de carácter general del año 1999 puede ser objeto de ampliación posteriormente a otro ejercicio no previsto inicialmente (RTEAC 7-7-2000).

• Facultades de la Inspección en actuaciones posteriores a un procedimiento penal sobreseído como consecuencia de la elevación de la cuantía del tipo del delito. Posibilidad de que laInspección reinicie actuaciones inspectoras complementarias de las anteriores con el fin de proceder a la correspondiente regularización tributaria. El auto judicial no produce efecto de cosa juzgada material ni, por su propia naturaleza, puede contener una relación de hechos probados. (TEAC 05/05/2006).

2. Comunicación del alcance de las actuaciones al obligado tributario

Las actuaciones del procedimiento inspector se extenderán a una o varias obligaciones y periodos impositivos o de liquidación, y podrán tener alcance general o parcial.

Las actuaciones del procedimiento de inspección tendrán carácter general, salvo que se indique otra cosa en la comunicación de inicio del procedimiento inspector o en el acuerdo de ampliación o reducción que se pudiera dictar posteriormente, que deberá ser comunicado al obligado tributario.

El artículo 34.1.ñ de la LGT dispone que el obligado tributario tiene derecho a ser informado, al inicio de las actuaciones de comprobación o inspección sobre la naturaleza y el alcance de las mismas, así como de sus derechos y obligaciones en el curso de tales actuaciones. En desarrollo de dicho precepto, el artículo 178.4 del RGIAT ha regulado que la extensión y el alcance general o parcial de las actuaciones deberán hacerse constar al inicio de estas mediante la correspondiente comunicación. Cuando el procedimiento de inspección se extienda a distintas obligaciones tributarias o periodos, deberá determinarse el alcance general o parcial de las actuaciones en relación con cada obligación y periodo comprobado. En caso de actuaciones de alcance parcial deberán comunicarse los elementos que vayan a ser comprobados o los excluidos de ellas.

3. Cambio de la extensión y alcance de las actuaciones

El artículo 178.5 del RGIAT señala que cuando en el curso del procedimiento se pongan de manifiesto razones que así lo aconsejen, el órgano competente podrá acordar de forma motivada:

• a) La modificación de la extensión de las actuaciones para incluir obligaciones tributarias o periodos no comprendidos en la comunicación de inicio o excluir alguna obligación tributaria o periodo de los señalados en dicha comunicación.
• b) La ampliación o reducción del alcance de las actuaciones que se estuvieran desarrollando respecto de las obligaciones tributarias y periodos inicialmente señalados. Asimismo, se podrá acordar la inclusión o exclusión de elementos de la obligación tributaria que esté siendo objeto de comprobación en una actuación de alcance parcial.

Casuística:

• La ampliación de las actuaciones inspectoras, realizada a propuesta del actuario, se encuentra correctamente motivada. La necesidad de autorización escrita y motivada delInspector-Jefe es preceptiva para iniciar las actuaciones inspectoras pero no para ampliar las ya iniciadas. (TEAC 31/05/2007).

• Ninguna limitación legal existe, ni en cuanto a ejercicios, ni en cuanto a tributos, respecto a la posibilidad de ampliar las actuaciones inspectoras. Tal ampliación puede alcanzar a tributos diferentes de los inicialmente previstos sin necesidad de previa inclusión específica en plan o previa orden del inspector jefe. La comunicación de ampliación del alcance de lasactuaciones se notificó al representante de la sociedad. La Inspección puede utilizar datos inicialmente obtenidos a efectos de regularizar un tributo en la regularización de otro al que también se han extendido las actuaciones cuando dicho dato es relevante para ambos tributos. Acta suficientemente motivada.(TEAC 25/07/2007).

4. Actuaciones parciales y liquidaciones provisionales en el procedimiento de inspección

Establece el artículo 178.3 del RGIAT que las actuaciones del procedimiento inspector tendrán carácter parcial en los siguientes supuestos:

• a) Cuando las actuaciones inspectoras no afecten a la totalidad de los elementos de la obligación tributaria en el periodo objeto de comprobación.
• b) Cuando las actuaciones se refieran al cumplimiento de los requisitos exigidos para la obtención de beneficios o incentivos fiscales, así como cuando las actuacionestengan por objeto la comprobación del régimen tributario aplicable.
• c) Cuando tengan por objeto la comprobación de una solicitud de devolución siempre que se limite exclusivamente a constatar que el contenido de la declaración, autoliquidación o solicitud presentada se ajusta formalmente a lo anotado en la contabilidad, registros y justificantes contables o extracontables del obligado tributario, sin perjuicio de la posterior comprobación completa de su situación tributaria.

El artículo 190 del RGIAT dispone que las liquidaciones derivadas de las actuaciones de comprobación de investigación de alcance parcial tendrán siempre el carácter de provisionales. Asimismo, dispone el artículo 148.3 LGT que cuando las actuaciones del procedimiento de inspección hubieran terminado con una liquidación provisional, el objeto de las mismas no podrá regularizarse nuevamente en un procedimiento de inspección que se inicie con posterioridad. El precepto admite como excepción los supuestos regulados en el artículo 101.4 LGT:

• a) Supuestos en los que no ha sido posible efectuar la comprobación de la totalidad de todos los elementos del concepto impositivo, como por ejemplo, bases procedentes del régimen de imputación de rentas que no han sido objeto de comprobación.
• b) Supuestos en lo que procede formular distintas propuestas de liquidación en relación con una misma obligación tributaria. Entre otros supuestos se pueden citar las conformidades parciales o las actas con acuerdo en las que el acuerdo se refiere solamente a una parte de la regularización.

5. Eficacia interruptiva de la prescripción en el caso de actuaciones de carácter parcial.

La eficacia interruptiva de las actuaciones de carácter parcial ha sido, hasta fecha reciente, un tema polémico, según se expone a continuación.

El criterio de la Administración Tributaria ha sido siempre el mismo: que las actuaciones de carácter parcial interrumpen la prescripción de todo el concepto impositivo y período que se está comprobando, y no solamente respecto del elemento de la obligación o del hecho imponible que se está comprobando.

Sin embargo el criterio de los Tribunales ha ido cambiando.

El criterio de la Administración fue el adoptado inicialmente por el TEAC en sus resoluciones, como se reflejaba, por ejemplo, en la de 19/04/2006 (RG 2538/2004), y posteriormente modificado (Resoluciones de 19/04/2007, 12/07/2007 y 26/03/2009), afirmando en estas últimas que las actuaciones de alcance parcial no interrumpían la prescripción del derecho de la Administración a liquidar todo el tributo comprobado, sino únicamente de los aspectos a los que se extendía la comprobación. El TEAC basó este criterio en las reiteradas sentencias de la Audiencia Nacional respecto de la prescripción cuando se incoaban dos actas, una de conformidad y otra de disconformidad.

El Tribunal Supremo manifestó en sentencia de 22/03/1999 el criterio contrario, señalando que las liquidaciones provisionales derivadas de actas previas y parciales interrumpían la prescripción de toda la obligación tributaria. La segunda sentencia, de fecha 06/11/2008 en el mismo sentido sentó jurisprudencia, y a partir de dicho momento, el TEAC cambia de criterio sobre el tema, volviendo a afirmar que las actuaciones de comprobación de alcance parcial interrumpen el derecho de la Administración a liquidar todo el tributo comprobado.

Así pues, tanto el Tribunal Supremo, como las recientes Resoluciones del TEAC 23/07/2009 y 02/07/2010, declaran esta nueva doctrina, coincidente con la postura mantenida siempre por la Administración.

En este sentido, interesa reproducir los fundamentos de derecho noveno y décimo de la Resolución del TEAC de 23/07/2009, también recogidos en Resoluciones posteriores, y que dejan claro que este criterio resulta de aplicación también con la Ley 58/2003 General Tributaria y el Reglamento de Aplicación de los Tributos (Real Decreto 1065/2007):

NOVENO.

En atención a esta doctrina emanada del Tribunal Supremo, este Tribunal Económico-Administrativo Central ha de modificar el criterio vertido en las resoluciones expuestas en el Fundamento de Derecho séptimo, acogiendo la tesis de que las actuaciones realizadas por la Inspección en el ámbito de una comprobación parcial, que se plasma en un acta previa, interrumpe la prescripción del derecho de la Administración a liquidar cualesquiera elementos del hecho imponible por el mismo Impuesto y ejercicio del contribuyente.

Aplicado ello al supuesto que nos ocupa, ...

DÉCIMO.

La conclusión alcanzada por el Tribunal Supremo parece que resultaría aplicable, inclusive con mayor claridad, en el marco de la nueva Ley General Tributaria, 58/2003, desarrollada en los aspectos en este punto relevantes, por el RD 1065/2007, de 27 Jul.

A este respecto, cabe resaltar los siguientes preceptos:

El artículo 68 de la LGT, relativo a la "Interrupción de los plazos de prescripción.

1. El plazo de prescripción del derecho a que se refiere el párrafo a) del artículo 66 de esta ley se interrumpe:

a) Por cualquier acción de la Administración tributaria, realizada con conocimiento formal del obligado tributario, conducente al reconocimiento, regularización, comprobación, inspección, aseguramiento y liquidación de todos o parte de los elementos de la obligación tributaria.

b) Por la interposición de reclamaciones o recursos de cualquier clase, por las actuaciones realizadas con conocimiento formal del obligado tributario en el curso de dichas reclamaciones o recursos, por la remisión del tanto de culpa a la jurisdicción penal o por la presentación de denuncia ante el Ministerio Fiscal, así como por la recepción de la comunicación de un órgano jurisdiccional en la que se ordene la paralización del procedimiento administrativo en curso.

c) Por cualquier actuación fehaciente del obligado tributario conducente a la liquidación o autoliquidación de la deuda tributaria."

Con el subrayado se pretende destacar la diferente expresión utilizada por esta nueva Ley. Con ella se esta haciendo referencia tanto a los supuestos en que se regulariza la totalidad de la obligación tributaria del contribuyente como aquellos otros en que alcanza sólo parcialmente algunos de sus elementos, es decir, los supuestos en que anteriormente se decía que se desagregaba el hecho imponible en hechos imponibles determinados o cuando de cualquier otro modo se circunscriba su objeto a límites mas reducidos, que eran los que constituían el objeto de una comprobación parcial y consiguientemente de una acta previa.

Por ello también se modifica la dicción de los preceptos reguladores de estas materias (comprobación parcial y actas previas) en coherencia con esta nueva terminología "elementos de la obligación tributaria."

Así sucede en el artículo que recoge las clases de liquidaciones tributarias: Artículo 101 de la nueva LGT:

"(...)

2. Las liquidaciones tributarias serán provisionales o definitivas.

3. Tendrán la consideración de definitivas:

a) Las practicadas en el procedimiento inspector previa comprobación e investigación de la totalidad de los elementos de la obligación tributaria, salvo lo dispuesto en el apartado 4 de este artículo.

b) Las demás a las que la normativa tributaria otorgue tal carácter.

4. En los demás casos, las liquidaciones tributarias tendrán el carácter de provisionales.

Podrán dictarse liquidaciones provisionales en el procedimiento de inspección en los siguientes supuestos:

a) Cuando alguno de los elementos de la obligación tributaria se determine en función de los correspondientes a otras obligaciones que no hubieran sido comprobadas, que hubieran sido regularizadas mediante liquidación provisional o mediante liquidación definitiva que no fuera firme, o cuando existan elementos de la obligación tributaria cuya comprobación con carácter definitivo no hubiera sido posible durante el procedimiento, en los términos que se establezcan reglamentariamente.

b) Cuando proceda formular distintas propuestas de liquidación en relación con una misma obligación tributaria. Se entenderá que concurre esta circunstancia cuando el acuerdo al que se refiere el artículo 155 de esta ley no incluya todos los elementos de la obligación tributaria, cuando la conformidad del obligado no se refiera a toda la propuesta de regularización, cuando se realice una comprobación de valor y no sea el objeto único de la regularización y en el resto de supuestos que estén previstos reglamentariamente."

Igual terminología utiliza esta misma Ley al regular el "Alcance de las actuaciones del procedimiento de inspección" en el Artículo 148:

"1. Las actuaciones del procedimiento de inspección podrán tener carácter general o parcial.

2. Las actuaciones inspectoras tendrán carácter parcial cuando no afecten a la totalidad de los elementos de la obligación tributaria en el período objeto de la comprobación y en todos aquellos supuestos que se señalen reglamentariamente. En otro caso, las actuaciones del procedimiento de inspección tendrán carácter general en relación con la obligación tributaria y período comprobado.

3. Cuando las actuaciones del procedimiento de inspección hubieran terminado con una liquidación provisional, el objeto de las mismas no podrá regularizarse nuevamente en un procedimiento de inspección que se inicie con posterioridad salvo que concurra alguna de las circunstancias a que se refiere el párrafo a) del apartado 4 del artículo 101 de esta ley y exclusivamente en relación con los elementos de la obligación tributaria afectados por dichas circunstancias."

También en igual sentido y con la misma terminología se expresa el artículo 178 del RD. 1065/2007: "Extensión y alcance de las actuaciones del procedimiento de inspección"

1. Las actuaciones del procedimiento inspector se extenderán a una o varias obligaciones y períodos impositivos o de liquidación, y podrán tener alcance general o parcial en los términos del artículo 148 de la Ley 58/2003, de 17 Dic., General Tributaria.

2. Las actuaciones del procedimiento de inspección tendrán carácter general, salvo que se indique otra cosa en la comunicación de inicio del procedimiento inspector o en el acuerdo al que se refiere el apartado 5 de este artículo que deberá ser comunicado.

3. Las actuaciones del procedimiento inspector tendrán carácter parcial en los siguientes supuestos:

a) Cuando las actuaciones inspectoras no afecten a la totalidad de los elementos de la obligación tributaria en el período objeto de comprobación.

(...)"

Puesto que, como hemos visto el artículo 68 de la Ley 58/2003 refiere la interrupción a cualquier acción de la Administración tributaria conducente al reconocimiento, regularización, comprobación, etc. de todos o parte de los elementos de la obligación tributaria, parece claro que pretende abarcar todos los supuestos, que constituyen el sustrato de uno y otro tipo deactuaciones, de carácter general y de carácter parcial.

Así se desprende también de una interpretación sistemática con otros preceptos de la ley, y todo ello a la luz del análisis del instituto de la prescripción hecho por el Tribunal Supremo, pues, además del cambio de redacción dado por la nueva LGT, que se acaba de resaltar en la normas trascritas, hay otro precepto que, en conjunción con los expuestos indica con contundencia que cualquier actuación de las indicadas tiene virtualidad interruptiva.

Dicho precepto es el artículo 149 de la Ley 58/2003, General Tributaria, en el que se recoge la solicitud del obligado tributario de una inspección de carácter general:

"1. Todo obligado tributario que esté siendo objeto de unas actuaciones de inspección de carácter parcial podrá solicitar a la Administración tributaria que las mismas tengan carácter general respecto al tributo y, en su caso, períodos afectados, sin que tal solicitud interrumpa las actuaciones en curso.

2. El obligado tributario deberá formular la solicitud en el plazo de 15 días desde la notificación del inicio de las actuaciones inspectoras de carácter parcial.

3. La Administración tributaria deberá ampliar el alcance de las actuaciones o iniciar la inspección de carácter general en el plazo de seis meses desde la solicitud. El incumplimiento de este plazo determinará que las actuaciones inspectoras de carácter parcial no interrumpan el plazo de prescripción para comprobar e investigar el mismo tributo y período con carácter general."

Según este precepto, cuando un obligado tributario está siendo objeto de unas actuaciones de inspección de carácter parcial puede solicitar a la Administración tributaria que las mismas tengan carácter general. Esta posibilidad ya existía en la anterior regulación si bien lo novedoso son las consecuencias que se prevén en al apartado 3.

En efecto, en el artículo 28 de la Ley 1/1998, de 26 Feb., de Derechos y Garantías de los Contribuyentes, se establecía el derecho de éstos que estuvieran siendo objeto de una comprobación parcial, a solicitar que dicha comprobación tuviese carácter general; se preveía que la Administración debería iniciar dicha comprobación en seis meses desde la solicitud, pero nada mas se decía al respecto y no se regulaba consecuencia alguna de un hipotético incumplimiento. Posteriormente, el artículo 33 bis, añadido en el Reglamento de Inspección de los Tributos de 1986, por la disposición final 1ª del Real Decreto 136/2000, de 4 Feb., regula esta solicitud de comprobación de carácter general, pero tampoco contempla consecuencia alguna desde el punto de vista de la prescripción como consecuencia de un hipotético incumplimiento de la Administración del plazo de seis meses para acordar la ampliación o inicio deactuaciones con este carácter general. Sí prevé una serie de reglas a efectos del cómputo del plazo de duración de las actuaciones inspectoras a que se refería el artículo 31 de ese mismo Reglamento inspector pero, reiteramos, nada se recoge respecto a la incidencia en la interrupción de la prescripción, como se hizo posteriormente en la nueva Ley 58/2003. En esta, se prevé en el apartado 3 del artículo 149 que, si la Administración tributaria incumple el plazo de seis meses para ampliar las actuaciones o iniciar las de carácter general solicitado por el contribuyente, las actuaciones inspectoras de carácter parcial no interrumpen el plazo de prescripción para comprobar e investigar el mismo tributo y período con carácter general.

De ello se deduce que, contemplada como excepción la falta de eficacia interruptiva en el caso de que habiendo sido solicitada por el obligado tributario la extensión de la comprobación a general, la Administración Tributaria no lo haya acordado en seis meses, la regla general cuando la Administración no incumple el plazo señalado o cuando el contribuyente no lo ha solicitado, es que las actuaciones inspectoras de carácter parcial sí interrumpen el plazo de prescripción para comprobar cualesquiera otros aspectos no incluidos en aquellas.

A esta misma conclusión parece apuntar el Tribunal Supremo en la mencionada sentencia de 6 Nov. 2008, al citar de pasada a la nueva Ley General Tributaria, manifestando que "Como puede apreciarse, del examen conjunto de los citados preceptos se infiere que, conforme a la normativa vigente en el momento de autos, cualquier actuaciónadministrativa que tenga por objeto la comprobación, aunque sea parcial, de una obligación tributaria (en este caso, el hecho imponible del Impuesto sobre Sociedades del ejercicio 1993) interrumpe la prescripción respecto de todos los elementos de la obligación tributaria [por emplear la expresión que aparece ahora en el art. 68.1.a) de la Ley 58/2003, de 17 Dic.], y no únicamente en relación con aquellos que han sido objeto de investigación y, por ende, plasmados en el acta previa.".

6. Alcance de las actuaciones inspectoras. Solicitud de comprobación de carácter general

Según lo dispuesto en el artículo 149 de la Ley General Tributaria, todo obligado tributario que esté siendo objeto de una actuación de comprobación e investigación de carácter parcial, llevada a cabo por la Inspección de los Tributos, podrá solicitar de la Administración Tributaria que dicha comprobación tenga carácter general respecto del tributo y período afectados por la actuación.

El procedimiento, regulado en el artículo 179 del RGIAT, es el siguiente:

• • El obligado tributario deberá formular la solicitud en el plazo de 15 días desde la notificación del inicio de las actuaciones inspectoras de carácter parcial.
• • La solicitud deberá formularse mediante escrito dirigido al órgano competente para liquidar o comunicarse expresamente al actuario, quien deberá recoger esta manifestación en diligencia y dará traslado de la solicitud al órgano competente para liquidar.
• • Esta solicitud incluirá el contenido previsto en el artículo 88.2 del RGIAT:
  • • Nombre y apellidos o razón social o denominación completa, número de identificación fiscal del obligado tributario y, en su caso, del representante.
  • • Hechos, razones y petición en que se concrete la solicitud.
  • • Lugar, fecha y firma del solicitante o acreditación de la autenticidad de su voluntad expresada por cualquier medio válido en derecho.
  • • Órgano al que se dirige.
• • Recibida la solicitud, el órgano competente para liquidar acordará si la inspección de carácter general se va a realizar como ampliación del alcance del procedimiento ya iniciado o mediante el inicio de otro procedimiento.
• • La Administración tributaria deberá ampliar el alcance de las actuaciones o iniciar la inspección de carácter general en el plazo de seis meses desde la solicitud. El incumplimiento de este plazo determinará que las actuaciones inspectoras de carácter parcial no interrumpan el plazo de prescripción para comprobar e investigar el mismo tributo y período con carácter general.

La inadmisión de la solicitud por no cumplir los requisitos establecidos en el artículo 149 de la LGT, deberá estar motivada y será notificada al obligado tributario. Contra el acuerdo de inadmisión no podrá interponerse recurso de reposición ni reclamación económico-administrativa, sin perjuicio de que pueda reclamarse contra el acto o actos administrativos que pongan fin al procedimiento de inspección.

Con la normativa anterior a la Ley 58/2003, si el obligado tributario ha cumplido con los requisitos legalmente exigidos para que la actuación tenga carácter general y la Inspección no ha adoptado el acuerdo previsto en el Reglamento (RD 939/1986), ni ha iniciado, por tanto, la nueva actuación en el plazo establecido de seis meses, no existía normativa que regulara los efectos de dichos incumplimientos. Ante el silencio legal respecto de las consecuencias de estos incumplimientos, doctrinalmente se defendían diversas posturas: contestación positiva por silencio administrativo, nulidad de la actuación parcial y de la liquidación practicada, aplicar las consecuencias legales de no haber finalizado la actuación general en el plazo de doce meses, ampliación automática de las parciales en curso.

La Ley 58/2003 ha regulado en su artículo 149.3 que el incumplimiento de este plazo determinará que las actuaciones inspectoras de carácter parcial no interrumpan el plazo de prescripción para comprobar e investigar el mismo tributo y periodo con carácter general.

7. Inspección de obligados que deben tributar a la Administración del Estado y a las Haciendas Forales de Navarra o País Vasco

Cuando en el marco de sus competencias se proceda por los órganos de inspección de la AEAT a la regularización de obligaciones tributarias en régimen de proporción del volumen de operaciones, la regularización se efectuará por la totalidad de la situación tributaria del obligado tributario que es objeto de comprobación conforme al alcance de dicha actuación, sin que tal alcance pueda excluir en ningún caso a la parte de la deuda tributaria que corresponde a las Haciendas Forales.

Si las actuaciones de comprobación inspectora que se refieren al Impuesto sobre Sociedades, al Impuesto sobre el Valor Añadido o al Impuesto sobre la Renta de No Residentes de establecimientos permanentes, tienen alcance general, será obligatoria la comprobación de la corrección de la proporción del volumen de operaciones declarada por el obligado. En caso de que la actuación tenga alcance parcial, la comprobación de la citada proporción procederá en aquellos casos en que se incluya en el contenido expreso del alcance de la actuación, sin perjuicio de que en cualquier caso se deba de efectuar el recálculo del porcentaje como consecuencia de los hechos regularizados.

8. Retroacción de actuaciones ordenadas por los Tribunales. Liquidaciones anuales del IVA.

El Tribunal Supremo, en sentencia de 8 de abril de 2010, resuelve un recurso de casación en interés de la ley, anulando las liquidaciones provisionales de IVA efectuadas por la Administración porque el período de liquidación a tomar en cuenta no debió ser el del año natural, que adoptó la AEAT, sino el del período trimestral o mensual.

La argumentación de la Administración, no admitida por el TS, es que las liquidaciones del IVA fueron anuladas por haberse practicado tomando como período de liquidación el año natural, en lugar del trimestre o el mes, en cada caso, entendiendo que se trataba de un defecto meramente formal como puso de manifiesto la resolución del TEAR de 19 de abril de 2007, al indicar que la posibilidad de que la Administración dictara nueva liquidación en sustitución de la anulada. Sobre esa base, se solicitaba la declaración como doctrina legal de que "la anulación por los Juzgados y Tribunales de los contencioso administrativo de liquidaciones provisionales por IVA practicadas por la Agencia Estatal de la Administración Tributaria, constituyendo fundamento exclusivo de esa anulación el que el período de liquidación a tomar en cuenta no debió ser el del año natural que adoptó la AEAT, sino el del período trimestral o mensual, no impedirá la AEAT practicar nuevas liquidaciones con posterioridad a las decisiones judiciales ajustándose a los referidos períodos trimestral o mensual".

En el mismo sentido, el TEAC, en resolución de 29/06/2010, manifiesta que la Administración tributaria sólo puede practicar liquidaciones que atiendan a un período de liquidación trimestral o, en su caso, mensual, sin que resulte admisible la práctica de liquidaciones en las que se considere como período de liquidación el año natural. Cuestión distinta es que el acta, y por tanto, el acuerdo de liquidación, pueda extenderse, recogiendo la suma algebraica de todos los períodos de liquidación, siempre que queden identificadas las deudas correspondientes a cada período. El proceder de la Administración conlleva la existencia de un vicio que afecta intrínsecamente al esquema liquidatorio del IVA, alterando la relación jurídico tributaria e incidiendo en el principio de neutralidad que preside el Impuesto. Considera correcto el proceder del Tribunal Económico-Regional, que anuló la liquidación girada, y no ordenó la retroacción de las actuaciones, al considerar que la Inspección había determinado incorrectamente la deuda tributaria por razones que no justificaban dicha retroacción, sin que fuera posible que dictara nueva liquidación provisional, porque la liquidación dictada por la Inspección era definitiva, y no podía ser sustituida por otra de carácter o naturaleza provisional. La posibilidad de haber emitido una nueva liquidación, iría en contra del principio de seguridad jurídica.

Por otro lado, en el apartado correspondiente a la duración de las actuaciones se exponen los efectos de la retroacción de las actuaciones en el cómputo de los plazos de duración.

9. Consecuencias de las actuaciones efectuadas por órgano sin competencia en actuaciones posteriores.

Si se efectúa una primera actuación de carácter general por un órgano de la Administración que no tiene competencia para ello, como es el caso de la comprobación del IVA a la importación por el Departamento de Inspección de la AEAT, la práctica de una segunda liquidación del ejercicio constituye una revisión peyorativa de un acto favorable que fue realizada al margen de los procedimientos especiales de revisión de oficio. La incompetencia del órgano administrativo autor de la primera liquidación no habilita a la Administración a revisar el acto a través del procedimiento inspector ordinario. (STS 20-04-2009)